給与計算・源泉徴収・年末調整の始め方｜初めて人を雇う会社の実務ガイド

Payroll Basics

給与計算は「給料を振り込む作業」だけではない

従業員を雇うと、毎月の給与計算が発生します。給与計算では、基本給や残業代などの総支給額を出し、社会保険料、雇用保険料、源泉所得税、住民税などを差し引き、従業員へ支払う手取り額を決めます。

ここで差し引いたお金の一部は、会社が預かって後日納めるものです。つまり給与計算は、従業員への支払い、税金・社会保険料の納付、会計処理、資金繰りがつながる実務です。

このページでは、初めて人を雇う会社・個人事業主向けに、専門用語をほどきながら毎月の流れを整理します。

ユウ

給与計算って、月給20万円なら20万円を振り込めばいいんですよね。

ミナミ

そこから保険料や税金を差し引きます。さらに会社が別で負担する社会保険料もあります。

ユウ

給与明細の裏に、そんな舞台裏が。

ミナミ

はい。給与明細は、数字の小さな劇場です。

まず知っておきたい用語

総支給額基本給、残業代、手当、交通費など、控除前の支給額です。

控除給与から差し引く金額です。社会保険料、雇用保険料、税金などがあります。

手取り額総支給額から控除を差し引き、実際に従業員へ支払う金額です。

源泉所得税給与を払う会社が、所得税をあらかじめ差し引いて納める仕組みです。

住民税の特別徴収会社が従業員の住民税を給与から差し引き、自治体へ納める仕組みです。

年末調整1年間の給与と控除を確認し、源泉所得税の過不足を精算する手続きです。

給与計算の大まかな流れ

給与計算は、毎月同じ順番で進めるとミスを減らせます。最初は難しく感じますが、「勤怠を集める」「支給額を出す」「控除する」「払う」「納める」に分けると見通しがよくなります。

順番	やること	確認ポイント
1. 勤怠を締める	出勤、退勤、休憩、残業、有休、欠勤を確認します。	打刻漏れ、休憩時間、残業申請、シフト変更を給与計算前に直します。
2. 支給額を計算する	基本給、時給、残業代、休日手当、通勤手当などを集計します。	固定残業代、深夜勤務、欠勤控除、交通費の非課税枠などを確認します。
3. 控除額を計算する	社会保険料、雇用保険料、源泉所得税、住民税などを差し引きます。	扶養、保険料率、住民税通知、入退社月の扱いに注意します。
4. 給与明細を作る	支給、控除、差引支給額を従業員に見える形にします。	従業員が見ても理由がわかる明細にします。
5. 振込・納付する	従業員へ給与を支払い、預かった税金や保険料を納めます。	給与支払日、源泉所得税、住民税、社会保険料の納付予定を資金繰り表に入れます。
6. 会計へ反映する	給与、法定福利費、預り金、未払金などを記録します。	会計ソフト、税理士、給与ソフトの連携方法を決めます。

毎月の控除で見落としやすいもの

給与計算で混乱しやすいのは、従業員から差し引くものと、会社が負担するものが混ざることです。給与額だけを見ていると、会社全体の人件費を小さく見積もってしまいます。

項目	誰のお金か	実務での見方
健康保険・厚生年金	従業員負担分と会社負担分があります。	従業員負担分は給与から控除し、会社負担分は別に資金繰りへ入れます。
雇用保険料	従業員負担分と会社負担分があります。	給与額や業種によって計算が変わるため、料率の更新に注意します。
源泉所得税	従業員の所得税を会社が預かります。	給与支払後に納付するため、会社のお金と混ぜて使わないようにします。
住民税	従業員の住民税を会社が預かります。	自治体から届く通知額をもとに、毎月の給与から差し引きます。
立替金・社宅・貸付など	会社と従業員の取り決めによります。	給与から控除してよいものか、事前の同意と根拠を確認します。

給与支払いで決めておく社内ルール

給与計算のミスは、計算式だけでなく、締め日前後の運用から起きます。次のルールを先に決めると、毎月の確認が楽になります。

締め日と支払日

毎月何日までの勤務を、いつ支払うかを決めます。資金繰り表にも固定で入れます。

勤怠修正の期限

打刻漏れ、休憩、残業、有休の修正期限を決めます。

残業の承認

事前申請か、事後確認か、誰が承認するかを決めます。

給与明細の渡し方

紙、PDF、給与システムなど、従業員が確認できる方法を決めます。

振込エラー時の対応

口座情報の誤り、組戻し、再振込の責任者と手順を決めます。

退職月の扱い

最終給与、有休消化、社会保険料、住民税の扱いを事前に確認します。

ユウ

給与計算は税理士さんに頼めば、勤怠の打刻漏れも魔法で直りますか。

ミナミ

直りません。元の勤怠データが間違っていると、正しい給与計算もできません。

ユウ

入力がふわっとしていると、出力もふわっと。

ミナミ

給与計算では、ふわっとはだいたい差戻しです。

源泉所得税と住民税は「預かっているお金」

給与から差し引いた源泉所得税や住民税は、会社の利益ではありません。従業員から預かり、税務署や自治体へ納めるお金です。資金が足りないからといって、運転資金のように使ってしまうと後で苦しくなります。

給与支払日だけでなく、納付日もカレンダーに入れます。納税資金を残す考え方は、納税資金の準備で詳しく整理しています。

項目	支払い先	管理のコツ
源泉所得税	税務署	給与支払後に納付予定へ入れます。納期の特例を使う場合も資金を残します。
住民税	自治体	自治体ごとの通知額を確認し、毎月の給与から差し引きます。
社会保険料	年金事務所・健康保険組合など	従業員負担分と会社負担分を合わせて資金繰りに入れます。
労働保険料	労働局など	年度更新のタイミングでまとまった支払いが出るため、年間予定に入れます。

年末調整でやること

年末調整は、毎月の給与から差し引いてきた源泉所得税と、1年間の実際の所得税額を比べて過不足を精算する手続きです。従業員から各種申告書を集め、扶養、保険料、住宅ローン控除などを確認します。

年末に急に始めると、書類回収や確認が遅れます。秋頃から従業員へ案内し、必要書類、提出期限、差戻し時の連絡方法を決めておくと進めやすくなります。

従業員へ案内する

提出書類、提出期限、入力方法、問い合わせ先を知らせます。

申告書を集める

扶養控除、保険料控除、基礎控除など、対象者に応じて書類を集めます。

1年分の給与を確認する

入社・退職、前職分、賞与、控除額を確認します。

過不足を精算する

還付または追加徴収を、給与支払いと合わせて処理します。

社労士・税理士・給与システムの分担

給与計算は、労務と税務が重なる実務です。誰に何を任せるかを決めておかないと、確認漏れや二重入力が起きます。

相手・仕組み	主に得意なこと	依頼前に決めること
社会保険労務士	労働保険、社会保険、勤怠、就業規則、入退社手続き、給与計算代行。	勤怠データの渡し方、締め日、入退社連絡、年末調整の扱い。
税理士	源泉所得税、年末調整、会計処理、法人税・所得税・資金繰りとの接続。	給与仕訳、預り金、納付予定、月次試算表への反映方法。
給与・勤怠システム	打刻、シフト、残業、有休、給与計算、明細、データ連携。	自社の勤務ルール、承認者、権限、外部専門家との共有方法。

社労士や税理士の選び方は、社労士の選び方、税理士の選び方で確認できます。

小さな会社が失敗しやすいパターン

給与の額だけを人件費として見て、会社負担の社会保険料を忘れる
打刻漏れや残業申請を締め日後にまとめて直している
源泉所得税や住民税を、納付日まで会社のお金と混ぜている
入社時の扶養情報や前職の源泉徴収票を集め忘れる
年末調整の書類回収を年末ギリギリに始める
退職月の社会保険料、住民税、最終給与の扱いを事前に確認していない
給与計算ソフトを入れたのに、勤怠ルールや承認ルートが曖昧なままになっている

ユウ

給与計算は、勤怠、税金、保険、会計、資金繰りが全部つながるんですね。

ミナミ

はい。だから最初に流れを決め、毎月同じ手順で確認できるようにします。

ユウ

給与計算、毎月の小さな決算ですね。

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