給与計算の始め方｜2026年最低賃金・源泉徴収・年末調整

このページにはプロモーションを含む場合があります。最終確認日：2026年10月2日

Payroll Basics

給与計算は「給料を振り込む作業」だけではない

従業員を雇うと、毎月の給与計算が発生します。給与計算では、基本給や残業代などの総支給額を出し、社会保険料、雇用保険料、源泉所得税、住民税などを差し引き、従業員へ支払う手取り額を決めます。

ここで差し引いたお金の一部は、会社が預かって後日納めるものです。つまり給与計算は、従業員への支払い、税金・社会保険料の納付、会計処理、資金繰りがつながる実務です。

このページでは、初めて人を雇う会社・個人事業主向けに毎月の流れを整理します。2026年秋の改定に備える方は、最低賃金の発効日と時給の切替、月給から除く手当と時間額の確認から読めます。

給与計算の確認をイメージした電卓、書類、ノートが並ぶ机 — 勤怠、支給額、控除額を別々に確認してから給与を確定します。画像は実務をイメージしたイラストです。

ユウ

給与計算って、月給20万円なら20万円を振り込めばいいんですよね。

ミナミ

そこから保険料や税金を差し引きます。さらに会社が別で負担する社会保険料もあります。

ユウ

給与明細の裏に、そんな舞台裏が。

ミナミ

はい。給与明細は、数字の小さな劇場です。

まず知っておきたい用語

総支給額基本給、残業代、手当、交通費など、控除前の支給額です。

控除給与から差し引く金額です。社会保険料、雇用保険料、税金などがあります。

手取り額総支給額から控除を差し引き、実際に従業員へ支払う金額です。

源泉所得税給与を払う会社が、所得税をあらかじめ差し引いて納める仕組みです。

住民税の特別徴収会社が従業員の住民税を給与から差し引き、自治体へ納める仕組みです。

年末調整1年間の給与と控除を確認し、源泉所得税の過不足を精算する手続きです。

給与計算の大まかな流れ

給与計算は、毎月同じ順番で進めるとミスを減らせます。最初は難しく感じますが、「勤怠を集める」「支給額を出す」「控除する」「払う」「納める」に分けると見通しがよくなります。

順番	やること	確認ポイント
1. 勤怠を締める	出勤、退勤、休憩、残業、有休、欠勤を確認します。	打刻漏れ、休憩時間、残業申請、シフト変更を給与計算前に直します。
2. 支給額を計算する	基本給、時給、残業代、休日手当、通勤手当などを集計します。	固定残業代、深夜勤務、欠勤控除、交通費の非課税枠などを確認します。
3. 控除額を計算する	社会保険料、雇用保険料、源泉所得税、住民税などを差し引きます。	扶養、保険料率、住民税通知、入退社月の扱いに注意します。
4. 給与明細を作る	支給、控除、差引支給額を従業員に見える形にします。	従業員が見ても理由がわかる明細にします。
5. 振込・納付する	従業員へ給与を支払い、預かった税金や保険料を納めます。	給与支払日、源泉所得税、住民税、社会保険料の納付予定を資金繰り表に入れます。
6. 会計へ反映する	給与、法定福利費、預り金、未払金などを記録します。	会計ソフト、税理士、給与ソフトの連携方法を決めます。

2026年の最低賃金改定は、締め日ではなく発効日で分ける

賃金計算期間の途中で最低賃金が上がる場合も、発効日以降の勤務には新しい額以上の賃金が必要です。「20日締めだから翌月から」「振込日が改定後なので期間全体を新しい額で判断」とせず、勤務した日と賃金の適用日を照合します。

地域別最低賃金は事業場の所在地で確認します。正社員だけでなく、原則としてパート・アルバイトにも適用されます。対象となる特定（産業別）最低賃金が地域別より高い場合は、その額を確認してください。派遣、複数の勤務先、適用範囲が不明な場合は管轄の労働局へ確認します。

地域別最低賃金の改定例（時間額）
2026年10月2日確認

地域	改定前 → 改定後	新しい額の発効日
神奈川県	1,225円 → 1,279円	2026年10月1日
長野県	1,061円 → 1,117円	2026年10月2日
福岡県	1,057円 → 1,114円	2026年10月4日

すべての地域が10月1日に切り替わるわけではありません。上表では、10月2日時点の福岡県はまだ改定前の額です。自社の地域の額・発効日は、厚生労働省の地域別最低賃金一覧で確認できます。

時給制の例：長野県、9月21日〜10月20日の勤務を支払う場合

地域別最低賃金のみが適用される従業員を例にします。契約時給は1,100円、10月1日までの通常勤務が40時間、10月2日以降が80時間だったと仮定します。10月2日から時給を1,117円に変更した場合、通常勤務分は次のように分かれます。

勤務した期間	計算	通常勤務分
9月21日〜10月1日	1,100円 × 40時間	44,000円
10月2日〜10月20日	1,117円 × 80時間	89,360円
合計	40時間＋ 80時間	133,360円

全120時間を旧契約時給1,100円で処理すると132,000円となり、この例では改定後の80時間分が1,360円不足します。改定前に最低賃金を上回っていた契約時給を、旧最低賃金1,061円まで下げてよいという意味ではありません。

この例は時間外・休日・深夜労働、手当、欠勤等を含まない通常勤務分です。該当する割増賃金や控除、社会保険料・税は別に確認します。システムでは従業員の時給を変更するだけでなく、適用開始日と改定前後の勤怠が分かれているかを確認してください。発効日の扱いは厚生労働省の使用者向けFAQに説明があります。

月給は「総支給額 ÷ 実際に働いた時間」だけでは判断しない

月給制では、最低賃金の対象となる月給を1か月平均所定労働時間で割って時間額を確認します。年間カレンダーで所定時間が月ごとに違う場合は、年間総所定労働時間を12で割った時間を使います。残業込みの実労働時間や、保険料・税を引いた手取り額で比較しません。

通勤手当、家族手当、精皆勤手当、臨時の支給、賞与、時間外・休日・深夜の割増賃金などは、最低賃金の比較から除きます。手当名だけで迷う場合は賃金規程と支給内容を確認してください。除外項目は厚生労働省「対象となる賃金は？」で確認できます。

月給制の例：通勤手当を足すと足りているように見えるケース

長野県の地域別最低賃金1,117円が期間全体に適用される月を想定します。年間所定労働時間は1,920時間（1か月平均160時間）、基本給170,000円、通常の職務手当6,000円、通勤手当10,000円、ほかの支給はないという例です。

総支給額：170,000円＋ 6,000円＋ 10,000円＝ 186,000円
最低賃金の対象となる月給：通勤手当を除いた 176,000円
時間額：176,000円 ÷ 160時間＝ 1,100円。1,117円を下回る。
この所定時間で必要な対象月給：1,117円 × 160時間＝ 178,720円。対象月給の不足は2,720円。

通勤手当を含む186,000円をそのまま160時間で割ると1,162.5円になり、不足を見落とします。残業代や賞与を足して不足分を埋めた扱いにもできません。対象月給と所定時間をそろえて確認する計算方法は、神奈川労働局の月給換算例でも確認できます。

上の例は改定後の額が期間全体に適用される月の確認です。発効日が途中にある月給の計算期間では、改定前後の所定労働時間の割合等に応じた確認が必要です。欠勤、入退社、変形労働時間制、固定給と歩合給の組合せがある場合は、単純にこの例の金額を当てはめず、労働局や社労士へ自社条件で確認してください。

改定月に給与を確定する前の5つの確認

事業場ごとの額・発効日：所在地と業種から適用額を調べ、店舗が複数ある場合は地域ごとに記録する。
賃金の内訳：時給・基本給・手当・所定時間をそろえ、最低賃金の比較対象から除く項目を分ける。
適用開始日：賃金台帳、労働条件の変更内容、給与システムの単価履歴を合わせ、旧期間の単価まで上書きされないか確認する。
勤怠との照合：発効日前後の勤務を集計し、代表者1人分を手計算して明細と照合する。割増賃金の基礎額への影響も確認する。
不足・連絡・保存：不足があれば差額を速やかに支払い、従業員へ変更内容を伝える。確認した公式資料、計算根拠、明細を保存する。

月々の承認順と年間予定を整える場合は、雇用後の労務管理も確認してください。給与を外部へ依頼している場合も、勤怠と変更日を会社から正しく伝えることが必要です。

毎月の控除で見落としやすいもの

給与計算で混乱しやすいのは、従業員から差し引くものと、会社が負担するものが混ざることです。給与額だけを見ていると、会社全体の人件費を小さく見積もってしまいます。

項目	誰のお金か	実務での見方
健康保険・厚生年金	従業員負担分と会社負担分があります。	従業員負担分は給与から控除し、会社負担分は別に資金繰りへ入れます。
雇用保険料	従業員負担分と会社負担分があります。	給与額や業種によって計算が変わるため、料率の更新に注意します。
源泉所得税	従業員の所得税を会社が預かります。	給与支払後に納付するため、会社のお金と混ぜて使わないようにします。
住民税	従業員の住民税を会社が預かります。	自治体から届く通知額をもとに、毎月の給与から差し引きます。
立替金・社宅・貸付など	会社と従業員の取り決めによります。	給与から控除してよいものか、事前の同意と根拠を確認します。

給与支払いで決めておく社内ルール

給与計算のミスは、計算式だけでなく、締め日前後の運用から起きます。次のルールを先に決めると、毎月の確認が楽になります。

締め日と支払日

毎月何日までの勤務を、いつ支払うかを決めます。資金繰り表にも固定で入れます。

勤怠修正の期限

打刻漏れ、休憩、残業、有休の修正期限を決めます。

残業の承認

事前申請か、事後確認か、誰が承認するかを決めます。

給与明細の渡し方

紙、PDF、給与システムなど、従業員が確認できる方法を決めます。

振込エラー時の対応

口座情報の誤り、組戻し、再振込の責任者と手順を決めます。

退職月の扱い

最終給与、有休消化、社会保険料、住民税の扱いを事前に確認します。

ユウ

給与計算は税理士さんに頼めば、勤怠の打刻漏れも魔法で直りますか。

ミナミ

直りません。元の勤怠データが間違っていると、正しい給与計算もできません。

ユウ

入力がふわっとしていると、出力もふわっと。

ミナミ

給与計算では、ふわっとはだいたい差戻しです。

源泉所得税と住民税は「預かっているお金」

給与から差し引いた源泉所得税や住民税は、会社の利益ではありません。従業員から預かり、税務署や自治体へ納めるお金です。資金が足りないからといって、運転資金のように使ってしまうと後で苦しくなります。

給与支払日だけでなく、納付日もカレンダーに入れます。納税資金を残す考え方は、納税資金の準備で詳しく整理しています。

項目	支払い先	管理のコツ
源泉所得税	税務署	給与支払後に納付予定へ入れます。納期の特例を使う場合も資金を残します。
住民税	自治体	自治体ごとの通知額を確認し、毎月の給与から差し引きます。
社会保険料	年金事務所・健康保険組合など	従業員負担分と会社負担分を合わせて資金繰りに入れます。
労働保険料	労働局など	年度更新のタイミングでまとまった支払いが出るため、年間予定に入れます。

年末調整でやること

年末調整は、毎月の給与から差し引いてきた源泉所得税と、1年間の実際の所得税額を比べて過不足を精算する手続きです。従業員から各種申告書を集め、扶養、保険料、住宅ローン控除などを確認します。

年末に急に始めると、書類回収や確認が遅れます。秋頃から従業員へ案内し、必要書類、提出期限、差戻し時の連絡方法を決めておくと進めやすくなります。

従業員へ案内する

提出書類、提出期限、入力方法、問い合わせ先を知らせます。

申告書を集める

扶養控除、保険料控除、基礎控除など、対象者に応じて書類を集めます。

1年分の給与を確認する

入社・退職、前職分、賞与、控除額を確認します。

過不足を精算する

還付または追加徴収を、給与支払いと合わせて処理します。

社労士・税理士・給与システムの分担

給与計算は、労務と税務が重なる実務です。誰に何を任せるかを決めておかないと、確認漏れや二重入力が起きます。

相手・仕組み	主に得意なこと	依頼前に決めること
社会保険労務士	労働保険、社会保険、勤怠、就業規則、入退社手続き、給与計算代行。	勤怠データの渡し方、締め日、入退社連絡、年末調整の扱い。
税理士	源泉所得税、年末調整、会計処理、法人税・所得税・資金繰りとの接続。	給与仕訳、預り金、納付予定、月次試算表への反映方法。
給与・勤怠システム	打刻、シフト、残業、有休、給与計算、明細、データ連携。	自社の勤務ルール、承認者、権限、外部専門家との共有方法。

社労士や税理士の選び方は、社労士の選び方、税理士の選び方で確認できます。

小さな会社が失敗しやすいパターン

給与の額だけを人件費として見て、会社負担の社会保険料を忘れる
打刻漏れや残業申請を締め日後にまとめて直している
源泉所得税や住民税を、納付日まで会社のお金と混ぜている
入社時の扶養情報や前職の源泉徴収票を集め忘れる
年末調整の書類回収を年末ギリギリに始める
退職月の社会保険料、住民税、最終給与の扱いを事前に確認していない
給与計算ソフトを入れたのに、勤怠ルールや承認ルートが曖昧なままになっている

ユウ

給与計算は、勤怠、税金、保険、会計、資金繰りが全部つながるんですね。

ミナミ

はい。だから最初に流れを決め、毎月同じ手順で確認できるようにします。

ユウ

給与計算、毎月の小さな決算ですね。

参考にした公的情報

最低賃金の額・発効日・計算方法と、国税庁の案内を2026年10月2日に確認しました。

給与計算・源泉徴収・年末調整の始め方